Шишковидное тело выделяет гормон мелатонин, который активизирует развитие пигментных клеток, находящихся в коже. Кроме того, оно выполняет роль своеобразных биологических часов, регулирующих суточную и сезонную активность организма. Деятельность шишковидной железы оказывает влияние на многие эндокринные органы: гипофиз, щитовидную железу, надпочечники и половые железы.
Кровоснабжение шишковидного тела осуществляется веточками, отходящими от средней и задней артерий мозга. Венозная кровь оттекает в сосудистое сплетение III желудочка.
Иннервация происходит за счет симпатических нервов.