Закладка вилочковой железы появляется на 6-й неделе внутриутробного развития из вентральных выростов третьей пары глоточных карманов. В течение 7-й недели парные закладки железы приближаются к средней линии. К середине 8-й недели нижние отделы закладок соединяются друг с другом. Одновременно происходит опускание их вниз под грудину в переднее средостение. Если сохраняется эпителиальная связь между железой и местом ее первоначального происхождения, образуется ductus tymopharyngeus. По своему происхождению вилочковая железа является лимфо-эпителиальным образованием.