Шишковидное тело относится к надбугорной области промежуточного мозга. Передняя часть его, или основание, утолщена и направлена вперед, прилегая к III желудочку. С помощью парных поводков, habenulae, шишковидное тело соединено со зрительным бугром. Противоположный свободный конец, или верхушка шишковидного тела, лежит между верхними бугорками четверохолмия. Полость III желудочка мозга продолжается в основание шишковидного тела в виде небольшого углубления, recessus pinealis. Наибольшего развития шишковидное тело достигает в детском возрасте.