Гипофиз образуется из двух самостоятельных закладок. Передняя доля развивается из так называемого гипофизарного кармана. На границе ротовой полости с глоткой находится глоточная мембрана. После ее прорыва образуется складка, кпереди от которой имеется углубление — гипофизарный карман. В конце 4-й недели это выстланное эктодермой пространство растет в краниальном направлении. Задняя доля гипофиза образуется из дна промежуточного мозга, от которого отходит processus infundibulum. Гипофизарный карман вытягивается и его слепой конец приходит в соприкосновение с отростком воронки. Первоначальный стебелек, соединяющий гипофизарный карман с полостью рта, истончается и теряет связь с ней. В дальнейшем из гипофизарного кармана образуется двухслойная чаша. После размножения его клеток формируется передняя доля гипофиза. Внутренний листок чаще приходит в контакт с нервной частью и сливается с ней, в результате чего образуется промежуточная часть. Между передней долей и промежуточной частью остается щелевидная полость, называемая остаточной полостью гипофизарного кармана. Из той части эпителия гипофизарного кармана, который охватывает processus infundibulum в области шейки, образуются парные почки. В дальнейшем они сливаются, образуя часть гипофиза, располагающуюся у воронки.